Ngày 26/12/2008, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam tổ chức Hội nghị tổng kết và bàn kế hoạch nhiệm vụ công tác, đồng thời công bố Quyết định số 116/2008/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam thuộc Bộ TN&MT.
Quyết định này là mốc quan trọng nhất để nhiệm vụ quản lý Nhà nước thống nhất và tổng hợp về biển và hải đảo ở nước ta tập trung vào một đầu mối. 
Phó Tổng cục trưởng phụ trách Nguyễn Văn Cư cho biết, trong quá trình triển khai xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về TN&MT biển, Tổng cục đã nhận được sự chỉ đạo kịp thời của Bộ trưởng, Thứ trưởng thường trực, sự phối hợp chặt chẽ, có hiệu quả của Vụ Pháp chế và các Bộ, ngành liên quan.Tiếp tục kiện toàn tổ chức, nâng cao chất lượng, hiệu lực, hiệu quả hoạt động của các đơn vị trực, năm 2009, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam sẽ tiếp tục xây dựng, hoàn thiện khung pháp lý và chính sách về biển và củng cố quản lý Nhà nước đủ mạnh để phát triển kinh tế biển và hải đảo, thực hiện chủ trương "kinh tế hóa, tài chính hóa" ngành TN&MT. "Chúng tôi sẽ tiếp tục đẩy mạnh thực hiện Đề án tổng thể về điều tra cơ bản và quản lý TN&MT biển đến 2010, tầm nhìn 2020; tăng cường tuyên truyền, đầu tư, nâng cao năng lực thiết bị, công nghệ phục vụ công tác điều tra cơ bản, khảo sát, thăm dò, nghiên cứu biển, hải đảo và đại dương. Coi trọng công tác tuyển chọn, đào tạo, quy hoạch cán bộ, mở rộng và nâng cao hiệu quả hợp tác quốc tế để tranh thủ nguồn lực, nguồn vốn, công nghệ tiên tiến, kinh nghiệm quản lý và đào tạo cán bộ cho lĩnh vực này", Phó Tổng cục trưởng phụ trách Nguyễn Văn Cư nói.
