Là nơi có hệ sinh thái phong phú và đa dạng, với nhiều loài động thực vật quí hiếm, nhưng Khu Bảo tồn Thiên nhiên (BTTN) Sơn Trà lại đang bị xâm hại bởi nhiều hoạt động khai thác của con người và quá trình tác động của tự nhiên. Việc hoàn chỉnh số liệu điều tra về đặc điểm sinh thái và các loài động, thực vật trong Khu Bảo tồn vì thế được xem là nhiệm vụ quan trọng góp phần nâng cao công tác bảo tồn và phát triển bền vững khu vực này.
Nghiên cứu của TS. Đặng Thái Dương (Trường Đại học Nông Lâm Huế) đăng trên Tạp chí Nông nghiệp&Phát triển Nông thôn số 6/2010 cho biết, Khu BTTN Sơn Trà có tổng diện tích 6.437ha, về cơ bản được phân chia thành 7 đối tượng: rừng trung bình, rừng phục hồi, trảng cây bụi, trảng cỏ, rừng trồng, hồ nước, đất thổ cư và quân sự. Trong đó, diện tích rừng là 3.000 ha, hầu hết là rừng phục hồi với hơn 2.610 ha, chiếm gần 41% tổng diện tích khu bảo tồn. Hệ thực vật ở Khu BTTN Sơn Trà rất phong phú, với 90 họ, 217 chi và 289 loài thực vật bậc cao, đáng chú ý nhất là nhóm cây làm thuốc với 107 loài, chiếm 37,02%. Về hệ động vật, được chia làm 4 nhóm, trong đó nhóm chim và nhóm thú chiếm tỷ lệ lớn hơn so với nhóm bò sát và lưỡng cư, nhiều loài động thực vật đặc hữu có giá trị cao về mặt kinh tế và khoa học như: Voọc chà vá chân nâu, Khỉ đuôi dài. Tuy nhiên, chính sự đa dạng về hệ sinh thái và thực vật lại đang biến Khu BTTN Sơn Trà trở thành tâm điểm của các hoạt động khai thác trái phép, như khai thác cây lâm sản ngoài gỗ, khai thác cây rừng về làm cảnh... Đó là chưa kể đến tác động từ các dự án phục vụ mục đích kinh tế, phát triển du lịch và phục vụ quốc phòng đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến không gian sống của một số loài. Bên cạnh đó, tình trạng săn bắt thú vẫn diễn ra thường xuyên; nạn ô nhiễm rác thải, sạt lở đất và cây leo bìm bìm… cũng đang là mối nguy xâm hại Khu Bảo tồn. Theo TS Dương, để bảo tồn và phát triển bền vững Khu BTTN Sơn Trà, cần sớm hoàn thiện hệ thống tổ chức Ban Quản lý Khu Bảo tồn, đặc biệt là lực lượng kiểm lâm trên địa bàn; đẩy mạnh công tác bảo vệ phát triển rừng, có sự tham gia, chia sẻ lợi ích của người dân địa phương; gắn lợi ích phát triển du lịch trên cơ sở phát triển bền vững và bảo vệ tài nguyên rừng. Được biết, trong tháng 6/2010, UBND thành phố Đà Nẵng đã phê duyệt đề án "Bảo tồn đa dạng sinh học Khu bảo tồn thiên nhiên Sơn Trà" với tổng kinh phí 40 tỷ đồng, nhằm bảo tồn các giá trị đa dạng sinh học và bảo vệ, phục hồi các hệ sinh thái trong vùng, đồng thời sử dụng hợp lý nguồn tài nguyên trong khu vực. Trước đó, UBND thành phố cũng ban hành quy định về việc bảo vệ rạn san hô và các hệ sinh thái biển khu vực bán đảo Sơn Trà. Theo đó, có 5 khu vực được thả phao để bảo vệ, gồm: Bãi Bụt, Bãi Nồm, Hòn Sụp, Hục Lỡ-Vũng Đá, Bãi Bắc. Đây là những tiền đề cơ bản cho định hướng bảo tồn và phát triển bền vững Khu BTTN đa dạng này.
