Vườn Quốc gia Ba Bể là một trong 4 Vườn Quốc gia ở nước ta được công nhận là Vườn Di sản của ASEAN. Thảm thực vật trên núi đá vôi nơi đây còn tương đối nguyên vẹn là mẫu chuẩn của hệ sinh thái đặc trưng cho vùng Đông Bắc Việt Nam và Thế giới.
Hiện nay, Vườn Quốc gia Ba Bể có 1.268 loài thực vật bậc cao, 470 loài có xương sống, trong đó có nhiều loài đặc hữu quý hiếm, được liệt kê vào trong Sách Đỏ của Việt Nam và Thế giới như : Trúc mây, Lát hoa, Voọc đen má trắng, Gấu ngựa, Cá cóc bụng hoa...Trong khu vực Vườn Quốc gia hiện đang có rất đông dân cư sinh sống. Vùng đệm của Vườn có 19.714 người, vùng lõi có 3.730 người. Nhu cầu lâm sản, thực phẩm từ rừng trên thị trường tăng cao là một trong các lý do khiến người dân vào rừng khai thác trái phép gỗ, củi, săn bắt động vật hoang dã, mở mang đất đai canh tác, xây dựng nhà cửa trong khu vực quản lý của Vườn. Bên cạnh đó kinh phí đầu tư cho công tác bảo vệ rừng và chế độ cho cán bộ, công nhân viên, kiểm lâm tại Vườn còn rất thấp ảnh hưởng không nhỏ đến công tác bảo tồn.
Điều này đã tạo ra một sức ép rất lớn trong công tác quản lý, giám sát. Để giải quyết vấn đề này, Vườn giao trên 5.000 ha cho các nhóm hộ quản lý với kinh phí khoảng 600 triệu đồng để tạo công ăn việc làm, tăng thu nhập cho người dân. Bên cạnh đó, Vườn cũng tăng cường nâng cao năng lực cho lực lượng kiểm lâm, lực lượng cán bộ khoa học kỹ thuật và đề xuất các cấp, các ngành hỗ trợ các dự án để nâng cao năng lực cho lực lượng này. Đồng thời, Vườn tăng cường phối hợp giữa các cơ quan ban ngành, các nhà khoa học, cộng đồng... giám sát, điều tra, đánh giá lại giá trị về tài nguyên đa dạng sinh học của Vườn để từ đó tuyên truyền phổ biến cho người dân nhận thức về tầm quan trọng của việc bảo tồn.Hiện nay công tác bảo vệ môi trường tại Vườn Quốc gia Ba Bể được triển khai tốt. Tuy nhiên, trước sự phát triển thuyền du lịch, thuyền đánh cá chạy bằng động cơ diezel xả thải váng dầu ra môi trường đe dọa thủy sinh trong Hồ Ba Bể, Ban Quản lý Vườn đã đề nghị với UBND tỉnh Bắc Kạn trong thời gian sớm nhất cho phép Vườn yêu cầu các chủ phương tiện chấm dứt hoạt động khai thác trên mặt hồ bằng động cơ diezel thay bằng các loại động cơ thân thiện với môi trường.
Từ khi được công nhận là Vườn Di sản cho đến nay, Ban Quản lý Vườn đã bảo tồn nguyên vẹn các hệ sinh thái rừng, hệ sinh thái đất ngập nước, chất lượng rừng ngày càng tăng, diện tích canh tác nương rẫy giảm, độ che phủ của rừng tăng gần 74%. Số vụ vi phạm về khai thác gỗ, săn bắt động vật rừng ngày càng giảm. Có được những kết quả này, Vườn đã tập trung tăng cường công tác tuyên truyền bảo vệ đa dạng sinh học tới mọi tầng lớp nhân dân, khách du lịch, học sinh, sinh viên... Bên cạnh đó, BQL Vườn cũng đẩy mạnh công tác tuần tra, kiểm tra, phối hợp với các cấp chính quyền địa phương, kêu gọi sự tham gia của cộng đồng sinh sống trong vùng lõi và vùng đệm của Vườn chung tay bảo vệ đa dạng sinh học.
