Bảo tồn và bảo vệ môi trường đảo Phú Quốc để phục vụ phát triển bền vững kinh tế - xã hội, góp phần xây dựng đảo thành một trung tâm du lịch, nghỉ dưỡng, giao thương quốc tế lớn, hiện đại của vùng đồng bằng sông Cửu Long.
Đồng thời, từng bước hình thành một trung tâm du lịch, giao thương mang tầm cỡ khu vực và quốc tế. Đó là mục tiêu chung của Đề án tổng thể bảo vệ môi trường đảo Phú Quốc đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020 vừa được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Quan điểm chỉ đạo của Thủ tướng là bảo vệ môi trường đảo Phú Quốc được tiến hành trên nguyên tắc phát triển bền vững, quản lý tổng hợp và liên ngành; được thực hiện thường xuyên, lâu dài, dựa trên nguyên tắc phòng ngừa là chính, kết hợp với kiểm soát ô nhiễm, khắc phục suy thoái và coi trọng việc ứng dụng các thành tựu khoa học, công nghệ tiên tiến bảo vệ môi trường. Bên cạnh đó, hạn chế đến mức thấp nhất sự xâm hại của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội đến môi trường tự nhiên của Phú Quốc; không làm suy giảm diện tích rừng, chất lượng nước, không khí, nước biển ven bờ. Tất cả chất thải của quá trình sản xuất, kinh doanh, dịch vụ và sinh hoạt đều phải được xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật môi trường quốc gia trước khi thải ra môi trường. Hạn chế tối đa mức độ gia tăng ô nhiễm Từ nay đến năm 2010, 100% các dự án ưu tiên, mô hình trọng điểm về bảo vệ môi trường Phú Quốc được lập, thẩm định, phê duyệt và bố trí kinh phí đầy đủ để triển khai hiệu quả, đúng tiến độ. Phấn đấu 100% các dự án đầu tư phát triển được đánh giá tác động môi trường; các xưởng sản xuất áp dụng công nghệ sạch; sản phẩm xuất khẩu áp dụng hệ thống quản lý môi trường theo tiêu chuẩn ISO 14001. Để cải thiện chất lượng môi trường, 100% người dân được cung cấp và sử dụng nước sạch. Đồng thời 1 nhà máy xử lý chất thải rắn công suất 200 tấn/ngày đạt tiêu chuẩn môi trường được xây dựng và đi vào hoạt động. Đến giai đoạn 2020, 100% chất thải rắn sinh hoạt, công nghiệp, dịch vụ, bệnh viện và lượng nước thải được thu gom và xử lý theo đúng quy định. Rừng tại Phú Quốc được che phủ với tỷ lệ trên 75%. Các biện pháp cụ thể thực hiện Đề án Đó là, tăng cường trồng lại rừng ngập mặn, chăm sóc bảo dưỡng rừng trồng trên đất úng chua phèn. Thực hiện các giải pháp làm giàu rừng ngập mặn bằng việc đa dạng hóa các loài thực vật, động vật thủy sinh. Tiến hành quy hoạch khoanh vùng các rặng san hô, thảm cỏ biển để tiến tới xây dựng khu bảo tồn san hô, cỏ biển. Tổ chức quy hoạch các tuyến, điểm du lịch sinh thái trong phạm vi khu Vườn Quốc gia và vùng đệm. Bảo vệ nguyên trạng các hệ sinh thái rừng tự nhiên, rừng phòng hộ đầu nguồn trên đảo. Bên cạnh đó, thiết lập hệ thống cơ sở dữ liệu và kiểm soát chặt chẽ các nguồn chất thải gây ô nhiễm môi trường. Để bảo vệ môi trường cho Phú Quốc, cần thể chế hóa các cơ chế đặc thù, chính sách ưu đãi đối với hoạt động bảo vệ môi trường; xây dựng và áp dụng thí điểm một số cơ chế, chính sách mới, đặc thù trong lĩnh vực bảo vệ tài nguyên môi trường, như chi trả dịch vụ môi trường, du lịch sinh thái, thu phí đối với các tiện ích công cộng về bảo vệ môi trường. Cơ quan có thẩm quyền cần ban hành một số quy định về cấm đầu tư hoặc hạn chế đầu tư đối với một số lĩnh vực, loại hình sản xuất không thân thiện với môi trường, hủy hoại tài nguyên thiên nhiên như: đánh bắt hải sản bằng phương tiện hủy diệt hoặc đánh bắt không đúng thời vụ, sản xuất, sử dụng các vật liệu xây dựng chứa yếu tố độc hại vượt quá tiêu chuẩn cho phép.
